自動化倉庫系統出庫操作方式分為兩種，即手動和自動。其中，自動化倉庫自動出庫表示當前工裝板老化時間已經完成，系統自動生成出庫指令，由監控系統控制堆垛機運行并將完成狀態返回給管理系統，管理系統根據此完成狀態登記相應的?各項庫存信息；手動出庫指在老化過程中工作人員操作系統手動生成出庫指令，然后由監控系統完成自動化倉庫出庫動作并返回完成狀態給管理系統。
自動化倉庫由工作人員在入庫口的工裝板上安裝好燈具并設置好工裝板參數后，自動化倉庫在客戶軟件中輸入數量或掃描條碼后，由客戶軟件形成入庫任務，接口軟件從客戶后臺數據庫中獲取入庫信息保存至本地數據庫后臺，待工裝板行進到入庫口末端讀取RFID后，自動化倉庫系統自動分配倉位，并調度堆垛機進行入庫動作，設備動作完成后系統自動更新倉位狀態完成入庫。（不同的入庫口老化時間可以通過WMS系統的“基礎信息管理”à“參數設置”進行設置）
自動化倉庫自動出庫：WMS系統根據入庫時的老化時間，倒計時完成后（數據庫后臺自動計算），自動化倉庫自動生成出庫任務，然后ECS根據出庫任務調度堆垛機進行出庫作業，工裝板到達出庫口讀取到RFID號后，自動化倉庫完成出庫動作并更新倉位狀態，同行告知設備該板的行進方向，此時自動出庫完成。
自動化倉庫手動出庫：操作人員在WMS系統中的倉位圖界面中點選要進行出庫的貨位，然后在最下方列表中會顯示該貨位的貨物及老化狀態，自動化倉庫在該列表中右擊鼠標后選擇“手動出庫”并在提示框選擇“是”，然后“確定”后便手動生成了出庫任務，然后ECS根據出庫任務調度堆垛機進行出庫作業，工裝板到達出庫口讀取到RFID號后，自動化倉庫完成出庫動作并更新倉位狀態，同行告知設備該板的行進方向，此時手動出庫完成。
